EES будет автоматически регистрировать каждого гражданина страны, не входящей в ЕС, при пересечении внешних границ Шенгенской зоны. Систему будут внедрять поэтапно: в октябре она заработает на 10% пограничных пунктов пропуска, к январю 2026 года – как минимум на половине. Весь процесс займет 180 дней и завершится 9 апреля 2026 года. До этого дня пограничные службы стран Шенгенской зоны продолжат проставлять штампы в проездных документах вручную. Все иностранцы из стран за пределами Евросоюза будут обязаны предоставить отпечатки пальцев и биометрические данные лица при первом пересечении границы ЕС, либо им будет отказано во въезде. В дальнейшем в течение трех лет будет проводиться только биометрическое сканирование лица. У детей до 12 лет отпечатки пальцев требовать не будут.

Отказ во въезде в одну из стран Шенгенской зоны сможет стать основанием для запрета посещения любой другой страны ЕС. При этом для въезда в страны Шенгена будут одинаково действительны как биометрические, так и небиометрические паспорта. Биометрический паспорт потребуется только в том случае, если путешественник захочет воспользоваться автоматизированными «киосками самообслуживания», которые доступны в некоторых пунктах пропуска.

Страны ЕС, как правило, принимают большинство проездных документов, в том числе небиометрические паспорта, отмечено в разъяснениях ЕС. Однако по состоянию на середину июля 2025 года уже семь стран Шенгенской зоны объявили о непризнании российских пятилетних паспортов старого образца, не содержащих биометрических данных. Это Франция, Чехия, Дания, Исландия, Эстония, Литва и Латвия.

Брюссель намерен сделать EES «самой современной цифровой системой управления границами в мире». Система соединит все внешние границы Шенгенской зоны (включая все страны ЕС, кроме Ирландии, Исландии, Норвегии и Швейцарии) с центральной базой данных под управлением европейского агентства eu-LISA.

Запуск EES состоится 12 октября 2025 года.